Κατά τη διάρκεια της πρώτης χρονιάς εφαρμογής του προγράμματος (2010-11), η ερευνητική ομάδα του ΠΕΑΠ εστίασε στο να εξετάσει:

• την ανταπόκριση των εκπαιδευτικών στο εκπαιδευτικό υλικό που αναπτύχθηκε
• την αντίδραση των εκπαιδευτικών προς το πρόγραμμα ως σύνολο καθώς και προς κάποια επιμέρους στοιχεία/εργαλεία του προγράμματος (π.χ. την ιστοσελίδα του ΠΕΑΠ)
• παράγοντες που αφορούν στο σχολικό περιβάλλον (π.χ. υποδομές των σχολικών μονάδων) και επηρεάζουν την εφαρμογή του προγράμματος σπουδών
• την ανατροφοδότηση των σχολικών συμβούλων βάσει των επισκέψεών τους στα σχολεία και την άποψή τους για τον τρόπο με τον οποίο οι εκπαιδευτικοί εφάρμοζαν το πρόγραμμα σπουδών
• την εφαρμογή ενός μοντέλου επιμόρφωσης εκπαιδευτικών βασισμένου στην ύπαρξη πολλαπλασιαστών (cascade model of teacher training)
• τη στάση και τις απόψεις των γονέων για το πρόγραμμα.

Κατά τη διάρκεια του δεύτερου χρόνου εφαρμογής του προγράμματος (2011-12), η Ομάδα Έργου εστίασε στο να μελετήσει:

• την ανταπόκριση των εκπαιδευτικών στο αναμορφωμένο εκπαιδευτικό  υλικό της Α’ τάξης και το καινούριο υλικό της Β’ τάξης
• τις αρχικές αντιδράσεις των εκπαιδευτικών στην πιλοτική έκδοση του βιβλίου της Γ’ Δημοτικού, Magic Book, και στα επιμορφωτικά σεμινάρια σχετικά με τη χρήση του
• την ανατροφοδότηση από έμπειρους αλλά και νέους εκπαιδευτικούς ΠΕΑΠ σχετικά με τη συμμετοχή τους στο πρόγραμμα
• τις συνθήκες που επικρατούν στις σχολικές μονάδες ΠΕΑΠ οι οποίες επηρεάζουν την εφαρμογή του προγράμματος σπουδών
• την ανατροφοδότηση των σχολικών συμβούλων με βάση τις επισκέψεις τους στα σχολεία και την εικόνα που μετέφεραν για το πώς τροποποιήθηκαν οι στάσεις των εκπαιδευτικών ΠΕΑΠ, των γονέων, των διευθυντών, των δασκάλων καθώς και των σχολικών συμβούλων άλλων ειδικοτήτων απέναντι στο πρόγραμμα
• το σχεδιασμό εναλλακτικών μορφών επιμόρφωσης
• το ρόλο των γονέων στο πρόγραμμα και τις μεταβαλλόμενες στάσεις τους προς αυτό.

Κατά τη διάρκεια της τρίτης χρονιάς εφαρμογής του προγράμματος (2012-13), η Ομάδα Έργου εστίασε στο να εξετάσει:

• την ανταπόκριση εκπαιδευτικών και μαθητών στην τελική μορφή του εκπαιδευτικού υλικού για την Α΄ και Β΄ τάξη
• την ανταπόκριση εκπαιδευτικών και μαθητών στην πιλοτική έκδοση του Magic Book
• την ανταπόκριση εκπαιδευτικών και γονέων στη νέα Διαδικτυακής Πύλη του ΠΕΑΠ
• τις εκπαιδευτικές πρακτικές που εφαρμόστηκαν σε περιορισμένο αριθμό τάξεων ΠΕΑΠ
• την ανατροφοδότηση από τα επιμορφωτικά σεμινάρια και το πρόγραμμα ηλεκτρονικής/εξ’ αποστάσεως επιμόρφωσης

Κατά τη διάρκεια των δύο πρώτων χρόνων εφαρμογής του ΠΕΑΠ, η ερευνητική ομάδα χρησιμοποίησε διάφορες μεθόδους συλλογής δεδομένων που επέτρεψαν τη μελέτη και την αποτίμηση διαφόρων διαστάσεων του προγράμματος. Συγκεκριμένα, τα δεδομένα οδήγησαν σε αποτίμηση:

α) της ποιότητας του προγράμματος, β) της ποιότητας του εκπαιδευτικού υλικού που αναπτύχθηκε στο πλαίσιο του προγράμματος, γ) της ποιότητας και της καταλληλότητας του προγράμματος επιμόρφωσης των εκπαιδευτικών.