Ποικίλα  ερευνητικά εργαλεία βοήθησαν την ομάδα Έργου στη διαδικασία συλλογής ποσοτικών και ποιοτικών δεδομένων τα οποία έγιναν αντικείμενο ανάλυσης και επεξεργασίας. Στα δεδομένα αυτά βασίστηκαν πολλές μελέτες που γράφτηκαν στην ελληνική γλώσσα και θα εκδοθούν σε ειδικό τόμο από το Κέντρο Έρευνας για τη Διδασκαλία Ξένων Γλωσσών και την Αξιολόγηση Γλωσσομάθειας του Πανεπιστημίου Αθηνών στις αρχές του 2014.

Η εσωτερική αξιολόγηση του προγράμματος σπουδών του ΠΕΑΠ, του εκπαιδευτικού υλικού και του προγράμματος επιμόρφωσης διενεργήθηκε μέσα από ερωτηματολόγια διαθέσιμα σε ηλεκτρονική μορφή και ειδικά σχεδιασμένα για εκπαιδευτικούς ΠΕΑΠ. Επιπλέον, διενεργήθηκαν επίσημες και ανεπίσημες συνεντεύξεις με εκπαιδευτικούς και επιμορφωτές ΠΕΑΠ. Τέλος, σοβαρά υπόψη στην αποτίμηση της εφαρμογής του ΠΕΑΠ ελήφθησαν και τα μηνύματα των εκπαιδευτικών που ήρθαν σε επαφή με την Ομάδα Έργου για να αναφερθούν τόσο σε όσα είχαν επιτύχει στις τάξεις του ΠΕΑΠ, όσο και στα προβλήματα που αντιμετώπισαν κατά την εφαρμογή του προγράμματος.

Στο τέλος του προγράμματος, η τελική εσωτερική αξιολόγηση θα πάρει τη μορφή ανάλυσης S.W.O.T. που θα πραγματοποιηθεί με βάση κριτήρια αξιολόγησης που είναι ακόμη υπό διαμόρφωση. Η αναφορά αποτίμησης θα αναφέρεται στα αποτελέσματα του προγράμματος και θα κάνει προτάσεις για τη βιωσιμότητά του. Φυσικά θα συνυπολογιστούν και οι αναφορές των εξωτερικών αξιολογητών.